Técnicas diagnósticas
El objetivo de la medicina de precisión es la búsqueda del tratamiento óptimo adaptado a las características genéticas y moleculares de cada paciente. Para ello, resulta imprescindible que los métodos diagnósticos sean de alta precisión, y que sean capaces de detectar cualquier alteración genética en el ADN del paciente.1
La caracterización del cáncer se basa en una serie de métodos que combinan distintos abordajes diagnósticos, desde aproximaciones tradicionales que analizan la histología celular, hasta técnicas de secuenciación avanzadas.2-8
Técnicas de secuenciación de primera generación
La secuenciación genética se define como el proceso en el que se determina el orden de las bases de un fragmento de ADN.9,10
La llegada de las técnicas de secuenciación de primera generación en la década del 1970 revolucionó el diagnóstico del cáncer, y permitió clasificar a los pacientes oncológicos por subtipos de cáncer según los biomarcadores detectados, así como diseñar estrategias de tratamiento más personalizadas.9,10
La secuenciación de Sanger ha sido la técnica principal de secuenciación durante más de 25 años, pero en la actualidad está siendo desplazada por las técnicas de secuenciación de nueva generación.9,10
Figura extraída de: https://genotipia.com/sanger/. Fecha de consulta: julio de 2020.
Figura 1. Detalle del procedimiento seguido en la secuenciación de Sanger.
NGS (next-generation sequencing)10
Las técnicas NGS son las más innovadoras para el análisis genético de biomarcadores en cáncer, y permiten el análisis de enormes cantidades de datos en un tiempo reducido. De esta forma, posibilitan el diagnóstico preciso y rápido de las alteraciones moleculares concretas que causan los distintos tumores.9
Descripción
Se trata de la técnica más avanzada que permite la secuenciación paralela de múltiples fragmentos de ADN posibilitando el análisis de grandes volúmenes de información.
Ventajas
Tiempo de respuesta menor que en secuenciación de Sanger. Permite la utilización de menores volúmenes de muestra.
Aplicación
Permite la detección simultánea de las alteraciones genéticas más relevantes que pueden haber originado el tumor.
Inconvenientes
- Alto coste en la actualidad.
- Requiere alta especialización en biología molecular.
- Disparidad de criterios en la interpretación de datos por parte de los médicos.
La caracterización genómica basada en las técnicas NGS apoya las decisiones en la oncología de precisión. Las NGS identifican todas las alteraciones genómicas relevantes que contribuyen al crecimiento del tumor en los pacientes.11 De esta forma, se pueden utilizar terapias dirigidas a alteraciones concretas, una aproximación que ya ha producido resultados prometedores.7,8
Se estima que los genes de fusión están presentes en aproximadamente el 20% de los cánceres, lo que representa una proporción significativa de la morbilidad y mortalidad por cáncer.1 En los últimos años, los avances en las técnicas NGS han resultado en la identificación de los genes de fusión NTRK en numerosos tipos de tumores, hecho que no hubiese sido posible con otro tipo de análisis diagnóstico. De esta forma, el gen de fusión NTRK se está erigiendo como un biomarcador oncológico de referencia, lo cual hace necesaria este tipo de tecnología para su detección. En los próximos años, la tecnología NGS se establecerá como análisis habitual en la práctica clínica.9,12
Abreviaturas
NGS: next-generation sequencing.
Foundation Medicine
Los test de Foundation Medicine proporcionan un perfil genómico exhaustivo, que ayuda a los médicos a decidir el tratamiento de precisión para pacientes con cáncer.
Los test de Foundation Medicine amplían las opciones terapéuticas para sus pacientes.1-6
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Este tipo de tests han sido la base del diagnóstico molecular durante mucho tiempo, y todavía pueden ser de gran ayuda en el diagnóstico de ciertas características moleculares del tumor a nivel de ADN, ARN y proteínas celulares. Poco a poco están siendo sustituidas, ya que una de sus limitaciones es la necesidad de grandes volúmenes de muestra. Esto obliga, en ciertos tipos de tumores, a tener que elegir entre las distintas posibilidades de análisis, únicamente, los dos o tres que puedan ser determinantes en la caracterización del tumor.
IHC (Immunohistochemistry)9-11
Descripción
Se trata de un término que engloba distintas técnicas utilizadas para la búsqueda de antígenos tisulares y celulares (proteínas), mediante el empleo de anticuerpos específicos.
Ventajas
Bajo coste y alta rapidez. Provee información histológica y análisis directo de la posible diana farmacológica.
Aplicación
Se utiliza para la detección de ciertos biomarcadores oncológicos y en la caracterización del tumor que pueden ayudar a definir la estrategia óptima de tratamiento.
Inconvenientes
- Variabilidad de resultados.
- La interpretación de los resultados es subjetiva.
- Número de antígenos por análisis limitado.
FISH (Fluorescent in situ hybridization)12-14
Descripción
Se basa en el uso de sondas de ADN marcadas con fluorescencia que detectan regiones específicas de ADN por complementariedad.
Ventajas
Rápido tiempo de respuesta y mayor precisión que la técnica IHC, aunque también mayor coste.
Aplicación
Permite la detección de mutaciones y alteraciones genómicas y cromosómicas que pueden ser causantes de tumores.
Inconvenientes
- Puede omitir ciertas alteraciones genómicas.
- La interpretación de los resultados tiene cierta subjetividad.
- El número de alteraciones evaluadas por análisis es limitado.
PCR (Polymerase chain reaction)9-11
Descripción
Se basa en la amplificación de un fragmento de ADN a partir de una secuencia sonda.
Ventajas
Rápido tiempo de respuesta y bajo coste. Alta especificidad por la diana.
Aplicación
Permite la detección de variaciones genéticas de hasta una única base.
Amplia experiencia de uso.
Inconvenientes
- Limitaciones diagnósticas.
- Se necesita información previa de la secuencia diana.
- Requiere un mayor nivel de especialización.
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Referencias
NGS
1. NIH. Instituto Nacional del Cáncer. Medicina de precisión en el tratamiento del cáncer [internet]. Disponible en: https://www.cancer.gov/espanol/cancer/tratamiento/tipos/medicina-de-precision. Fecha de consulta: diciembre 2020; 2. Mitelman F, et al. Nature reviews Cancer. 2007;7:233–45; 3. Takeuchi K, et al. Nat Med. 2012;18:378–81; 4. Stransky N, et al. Nat Commun. 2014;5:4846; 5. Cancer Genome Atlas N. Nature. 2012;487:330-7; 6. Stephens PJ, et al. Nature. 2009;462:1005-10; 7. Ardini E, et al. Mol Oncol. 2014;8(8):1495-507; 8. Lovly CM, et al. Cancer Discov. 2014;4(8):889-95; 9. de Matos LL, et al. Biomark Insights. 2010;5:9-20; 10. Parham DM. Anal Chem Insights. 2015;10(Suppl 1):1-10; 11. Frampton GM, et al. Nat Biotechnol. 2013;31:1023-31.
Tests moleculares tradicionales
1. NIH. Instituto Nacional del Cáncer. Medicina de precisión en el tratamiento del cáncer [internet]. Disponible en: https://www.cancer.gov/espanol/cancer/tratamiento/tipos/medicina-de-precision. Fecha de consulta: diciembre 2020; 2. Mitelman F, et al. Nature reviews Cancer. 2007;7:233–45; 3. Takeuchi K, et al. Nat Med. 2012;18:378–81; 4. Stransky N, et al. Nat Commun. 2014;5:4846; 5. Cancer Genome Atlas N. Nature. 2012;487:330-7; 6. Stephens PJ, et al. Nature. 2009;462:1005-10; 7. Ardini E, et al. Mol Oncol. 2014;8(8):1495-507; 8. Lovly CM, et al. Cancer Discov. 2014;4(8):889-95; 9. de Matos LL, et al. Biomark Insights. 2010;5:9-20; 10. Parham DM. Anal Chem Insights. 2015;10(Suppl 1):1-10; 11. Frampton GM, et al. Nat Biotechnol. 2013;31:1023-31; 12. Netto GJ, et al. Proc Bayl Univ Med Cent. 2003;16:379-83; 13. Wolff DJ, et al. J Mol Diagn. 2007;9:134-43; 14. Hu L, et al. Biomarker Res. 2014;2:1-13.
M-ES-00002906