VARIANTES DEL VIRUS

Hasta la aparición del SARS-CoV-2, solo se habían identificado seis tipos o variantes de coronavirus en seres humanos, responsables de un número importante de infecciones respiratorias en personas adultas inmunocompetentes, pero que podían causar cuadros de cierta gravedad en niños y ancianos.^17–19

El coronavirus20 SARS-CoV-2 supone el séptimo coronavirus aislado y caracterizado capaz de provocar infecciones graves en humanos.

La tasa estimada de mutación del virus es similar a otros virus del orden de los nidovirales, pero menor que otros virus de ARN ya que poseen un mecanismo intrínseco de corrección para corregir errores de replicación del que otros virus de ARN carecen. Por ello, el SARS-CoV-2 evoluciona más lentamente que otros virus ARN conocidos como el de la gripe o el VIH. Su tasa de evolución se sitúa aproximadamente en dos cambios de nucleótidos cada mes.²¹ Sin embargo, se han detectado varias mutaciones respecto a la considerada secuencia de referencia. La identificación con una mayor frecuencia de determinadas homoplasias (mutaciones repetidas surgidas de manera independiente) podría considerarse un indicio de que el virus se encuentra en fase de adaptación a un nuevo huésped.²²

A lo largo del curso de la pandemia se han descrito numerosas variantes de SARS-CoV-2 que muestran diferencias genéticas con la secuencia original del virus. Algunas mutaciones parecen haber surgido de manera independiente en distintas variantes lo que podría indicar que confieren alguna ventaja adaptativa.²³

La OMS establece la importancia de la integración de la detección de las nuevas variantes en la vigilancia de COVID-19 mediante la secuenciación genómica y destaca el interés de los estudios filodinámicos para caracterizar la evolución de una epidemia, los cambios en la transmisión y patogenicidad y la investigación de brotes.²⁴

Las diferentes mutaciones presentes en las variantes pueden atribuirles un mayor impacto potencial en la salud pública a través de varios aspectos:²¹

Aumento en la transmisibilidad: puede suponer un aumento en el número de casos y por lo tanto en la presión sobre el sistema asistencial.
Aumento en la gravedad y/o letalidad.
Escape a la respuesta inmune (adquirida tras infección natural o generada por algunas vacunas y respuesta a anticuerpos monoclonales).
Disminución en la sensibilidad de los métodos de diagnóstico microbiológico.
Disminución a la respuesta al tratamiento.

La introducción de la vacuna genera varios interrogantes, entre ellos la posibilidad de que el virus desaparezca por la presión de la vacuna o que se produzcan mutaciones de escape a la misma que generen comportamientos más leves.²¹

La OMS define 3 tipos de variantes según las posibles características en relación a cambios fenotípicos o mutaciones relacionadas con cambios fenotípicos asociadas a la transmisión comunitaria, transmisión en distintas agrupaciones o presencia en distintos países:

VOI, variante de interés (del inglés “variant of interest”);²⁵
VOC, variante de mayor impacto (del inglés “variant of concern”);
VHC, variante de alta consecuencia (del inglés “variant of high consequence”).

Variante de interés: características ²³

Una variante de interés podría requerir una o más acciones de salud pública apropiadas, incluyendo una mayor vigilancia de la secuencia, una mejor caracterización en el laboratorio o investigaciones epidemiológicas para evaluar la facilidad con la que el virus se propaga, la gravedad de la enfermedad, la terapia y si las vacunas actualmente autorizadas ofrecen protección.

Entre sus características destacan:

Marcadores genéticos específicos que se prevé que afecten a la transmisión, al diagnóstico, a la terapia o al escape inmunitario.
Pruebas de que es la causa de una mayor proporción de casos o de grupos de brotes únicos.
Prevalencia o expansión limitada en otros países.

Aunque se han descrito muchas otras variantes que han sido consideradas de interés y cuya relevancia podría aumentar o disminuir a lo largo de la evolución de la pandemia en la tabla 2 se resumen algunas de las más notables.²¹

Resumen de algunas de las variantes de interés para la salud pública (VOI): ²⁶

Linaje

Variante

Mutaciones

Impacto

Dispersión

B.1.617.2

Delta

L452R, P618R

Probable aumento de transmisibilidad. Leve disminución de la efectividad vacunal (más marcado con vacunación incompleta). Posible incremento de la severidad.

Recientemente expansión en la India coincidiendo con aumento de la incidencia. Mayoritaria en Reino Unido en el momento actual. Expansión en diversos países europeos incluido España.

B.1.427/B.1.429

Épsilon

L452R, 513 I, W512C

Mayor transmisibilidad de leve o moderado escape a la respuesta inmune frente a variantes previas.

Aumento en noviembre-diciembre en California. Escasos casos en países europeos.

P.2

Zeta

E484K, F888L 69-70 del, Q677H

Mutaciones compatibles con escape a la respuesta inmune frente a variantes previas.

Brasil (Río de Janeiro). Casos aislados en otros países, relacionados con viajes.

B.1.526

Iota

E484K, A701V D253G

Mutaciones compatibles con escape a la respuesta inmune frente a variantes previas.

Rápida expansión en área metropolitana de Nueva York.

A.1.617.1

Kappa

L452R, P618R, E484Q

Mutaciones relacionadas con posible aumento de la transmisibilidad y escape de la inmunidad.

Detectada por primera vez en la India. La mayoría de casos detectados en otros países, son importados.

B.1.1.7 con E484K

-

Similar a B.1.1.7 y E484K

Similar a B.1.1.7 y escape a la respuesta inmune.

Detectada por primera vez en Reino Unido; casos aislados en otros países.

B.1.621

-

R346K, E484K, N501Y

Mutaciones compatibles con aumento de la transmisibilidad y escape a la respuesta inmune frente a variantes previas.

La mayor parte de las secuencias procede de Colombia.

Variante de mayor impacto: características^21,23

Las variantes mayor impacto pueden requerir una o más acciones de salud pública apropiadas, como la notificación a la OMS en virtud del Reglamento Sanitario Internacional, los esfuerzos locales o regionales para controlar la propagación, el aumento de las pruebas o la investigación para determinar la eficacia de las vacunas y los tratamientos contra la variante.

Entre sus características, además de las presentes en las variantes de interés, destacan:

Evidencia de impacto en los diagnósticos, tratamientos o vacunas.
Interferencia generalizada con los objetivos de las pruebas de diagnóstico.
Evidencia de una disminución sustancial de la susceptibilidad a una o más clases de terapias.
Evidencia de una disminución significativa de la neutralización por parte de los anticuerpos generados durante la infección o la vacunación previas.
Evidencia de una reducción de la protección inducida por la vacuna contra la enfermedad grave.
Evidencia de una mayor transmisibilidad.
Evidencia de un aumento de la gravedad de la enfermedad.

En función de las características de la variante, las consideraciones adicionales pueden incluir el desarrollo de nuevos diagnósticos o la modificación de vacunas o tratamientos.

Principales variantes de mayor impacto para la salud pública (VOC):^26,27,28

Linaje

Variante

Mutaciones

Impacto

Dispersión

B.1.617.2

Delta

L452R, P618R

Probable aumento de transmisibilidad. Leve disminución de la efectividad vacunal (más marcado con vacunación incompleta). Posible incremento de la severidad.

Recientemente expansión en la India coincidiendo con aumento de la incidencia. Mayoritaria en Reino Unido en el momento actual. Expansión en diversos países europeos incluido España.

B.1.1.7

Alfa

N501Y, del 69-70, P681H, Y144 del, A540 D

Aumento de transmisibilidad. Posible incremento de la gravedad y la lealtad. Escaso escape de la inmunidad previa.

Predominante en Europa y otros países como Israel. Rápido aumento a nivel global.

B.1.351

Beta

E484K, N501Y, K417N, L18F, A701V, del ORF1b

Probable aumento de transmisibilidad.
Reducción de efectividad de algunas vacunas.

Cono sur africano; casos en numerosos países europeos. Prevalencia algo más elevada en algunos departamentos de Francia.

P. 1

Gamma

S: N501Y, E484K, K417T, del ORF1b

Probable aumento de transmisibilidad y escape moderado a la respuesta inmune.

Dominante en América del Sur especialmente Brasil. Baja frecuencia en países europeos (>10% en algunas regiones de Italia).

BA.1, BA.2 y BA.3

Ómicron

Del 69-70, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, S477N, E484A, Q498R, N501Y, H655Y, N679K, P681H, del 3674-3676 (ORF1)

Mayor capacidad de escape inmune que variantes previas, incremento en transmisibilidad y menor gravedad de los casos.

Rápida expansión a nivel global. Actualmente predominante en España.

Variante de alta consecuencia: características²³

Una variante de altas consecuencias tiene pruebas claras de que las medidas de prevención o las contramedidas médicas (MCM) tienen una eficacia significativamente reducida en relación con las variantes que circulaban anteriormente.

Además de las posibles características de las dos anteriores, se puede destacar:

Impacto en las contramedidas médicas.
Fallo demostrado de los diagnósticos.
Pruebas que sugieren una reducción significativa de la eficacia de la vacuna, un número desproporcionadamente alto de casos de ruptura de la vacuna o una protección muy baja inducida por la vacuna contra la enfermedad grave.
Reducción significativa de la susceptibilidad a múltiples autorizaciones de uso de emergencia (EUA) o terapias aprobadas.
Enfermedad clínica más grave y aumento de las hospitalizaciones.
Una variante de altas consecuencias requeriría la notificación a la OMS en virtud del Reglamento Sanitario Internacional, el anuncio de estrategias para prevenir o contener la transmisión y recomendaciones para actualizar los tratamientos y las vacunas.

Referencias
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Información actualizada IV Trimestre de 2021. Para información más reciente, visitar:

https://www.mscbs.gob.es/profesionales/saludPublica/ccayes/alertasActual/nCov/situacionActual.htm

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